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教育部推動「發展國際一流大學及頂尖研究中心計畫」，本校繼獲選為第一梯次（95～96年）全國12所重點發展大學之一後，97年2月5日教育部公布第二梯次（97～99年）審議結果，本校再榮獲為全國11所重點發展大學之一，亦為唯一入選的私立大學。
本項高等教育大型補助計畫，教育部係採集中拔尖原則，依教育部對第一梯次入選之12所學校執行成效考評結果，兩年成績至少為一年優等及一年良等之學校有7所，本校為其中之一；顯示本校在全體教職員生努力之下，於分子醫學研究領域以及提升整體教學研究方面，已獲相當程度之肯定。
本計畫第二梯次之審議，教育部經再增加〝區域均衡發展〞以及〝人文社會學科〞發展的因素，屬政府對國內高等教育資源配置之政策考量，本校再次獲選為補助之重點學校，仍將秉持既有之辦學理念，持續追求學術卓越，邁向頂尖。
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