財團法人高等教育評鑑中心基金會於 99 年 9 月 15 日公布「2010 世界大學科研論文質量評比」，本年度在「學校排名」方面，國內共有 5 校進入世界前 500 名內（去年有 7 所進榜），本校仍續名列該項排名，且為私立大學唯一入榜者。另在「臨床醫學領域排名」方面，本校亦續排名於世界前 300 名內，為國內進入該名次內之三所學校之一。

　　茲引述高等教育評鑑中心新聞稿相關內容：『「2010 世界大學科研論文質量評比」依「學校」、「領域」與「理工學門」分別排名的結果，臺灣共有國立臺灣大學、國立成功大學、國立清華大學、國立交通大學與長庚大學等 5 校進入「學校排名」世界前 500 大』。

　　◎2010全球科研論文評比，本校續進入世界前500名(蘋果日報 99/09/16)

　　◎2010全球科研論文評比，本校續進入世界前500名(中央社 99/09/15)

　　◎本校續榮獲2010上海交大世界大學排名前500名(聯合報 99/08/14)